.img/.hdr格式转.nii格式的操作

MATLAB转格式,需要使用spm package(https://github.com/neurodebian/spm12).

％％img2nii.m--------------------------------------------
％Script to convert hdr/img files to nii.
％This script uses SPM function, so you need to install SPM5 or later.
％Kiyotaka Nemoto 05-Nov-2014

％select files
f = spm_select(Inf,'img$','Select img files to be converted');

％convert img files to nii
for i=1:size(f,1)
input = deblank(f(i,:));
[pathstr,fname,ext] = fileparts(input);
output = strcat(fname,'.nii');
V=spm_vol(input);
ima=spm_read_vols(V);
V.fname=output;
spm_write_vol(V,ima);
end

附加一下volume data是如何转surface data的吧…

wb_command -volume-to-surface-mapping ArticParcels_Smithetal.nii /home/murphyhuang/tmp/nii/HCP_fMRI/Q1-Q6_R440.L.flat.32k_fs_LR.surf.gii outL.shape.gii -trilinear

补充知识：数据读取——（.img .hdr）

1、定义

该图像格式含有两部分：一个是图像 ‘.img '，另一个是图像头文件 '.hdr'，该文件记录了图像的信息，如图像尺寸、波段数、数据类型和大小端等。如果缺少头文件，将无法对图像进行读取，因此头文件十分重要。

2、读取

使用Matlab中NifTi包读取。

eg：

img=load_nii(‘D:\a01_101_bmask.hdr')

来源：https://blog.csdn.net/Lyrassongs/article/details/88544903