Pthon批量处理将pdb文件生成dssp文件

# -*- coding: utf-8 -*-
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Created on Sat Jun 20 19:36:34 2015

@author: chaofn
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import os

"""
这个程序的目的是将linux下/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb目录中的所有文件（一共有215个文件）
批处理
将pdb文件生成dssp文件

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#listdir返回文件名的列表
fileLine=os.listdir('/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb')
#遍历整个列表
for i in range(len(fileLine)-1):
 #将字符串用变量表示
 input_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb/'+fileLine[i]
 #先去掉文件名的后缀，然后形成后缀为dssp的文件名
 out_file=fileLine[i].split('.')[0]+'.dssp'
 output_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_dssp/'+out_file
 #注意：参数的传递（先是％s，然后是％变量名），多个变量的传入要用元组表示，在元组前用％
 os.system('/ifs/share/lib/dssp/dssp2 -i ％s -o ％s' ％(input_file,output_file))